Theo đó, UBND TP thực hiện Thông báo số 1183 và Kết luận số 1468 của Thanh tra Chính phủ (TTCP) về một số dự án đầu tư xây dựng từ nguồn vốn ngân sách, nguồn vốn vay; việc chuyển đổi, chuyển nhượng nhà đất của cơ quan Nhà nước, doanh nghiệp Nhà nước, nhà đất có vị trí đắc địa sang mục đích khác tại thành phố Hà Nội (giai đoạn 2003-2016).

Trên cơ sở các quy định của pháp luật, UBND TP Hà Nội báo cáo Thủ tướng Chính phủ về khoản thu nhập chịu thuế tính trước (5,5%) trong suất đầu tư khi xác định chi phí phát triển làm cơ sở xác định giá đất.

Báo cáo của UBND TP cho biết, tại Kết luận thanh tra số 1468, TTCP kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao UBND TP tính tiền sử dụng đất bổ sung đối với các dự án đã nêu trong kết luận thanh tra và rà soát toàn bộ các dự án trong thành phố khi đưa khoản chi phí dự phòng và chi phí kiểm định và chứng nhận phù hợp chất lượng công trình 1% chi phí xây dựng (giai đoạn thực hiện Thông tư số 145 năm 2007 của Bộ Tài chính); khoản thu nhập chịu thuế tính trước 5,5% trong suất đầu tư khi xác định chi phí xây dựng và chi phí kiểm định và chứng nhận phù hợp chất lượng công trình 1% chi phí xây dựng (giai đoạn thực hiện Thông tư số 36 năm 2014 của Bộ TN&MT) vào tổng chi phí phát triển để trừ tiền đất phải nộp không đúng quy định, thu tiền về ngân sách Nhà nước.

TTCP kết luận một số dự án đất ở những vị trí đắc địa của Hà Nội mắc sai phạm trong quá trình chuyển mục đích sử dụng, tổng sai phạm về tài chính gần 4.000 tỷ đồng.

TTCP cũng kiến nghị Thủ tướng giao Bộ TN&MT chủ trì phối hợp với Bộ Tài chính, Bộ Xây dựng xem xét, hướng dẫn UBND TP Hà Nội kiểm tra, xử lý và thu hồi khoản tiền chi phí dự phòng, lãi tiền vay ngân hàng, chi phí kiểm định và chứng nhận phù hợp chất lượng công trình (1%) chi phí xây dựng và khoản thu nhập chịu thuế tính trước 5,5% trong suất đầu tư đã đưa vào tổng chi phí phát triển khi tính tiền sử dụng đất của các dự án theo phương pháp thặng dư không đúng với quy định tại Thông tư số 145 của Bộ Tài chính và Thông tư số 36 của Bộ TN&MT.

Bên cạnh đó, tại Công văn góp ý số 1558 ngày 10/9/2020 gửi Bộ TN&MT, TTCP tiếp tục có ý kiến: “UBND TP Hà Nội áp dụng suất đầu tư của Bộ Xây dựng khi xác định chi phí xây dựng trong tổng chi phí phát triển nhưng không loại bỏ khoản thu nhập chịu thuế tính trước 5,5% là không đúng quy định, vì theo Thông tư số 36, trong tổng chi phí phát triển đã có lợi nhuận của nhà đầu tư 14% chi phí xây dựng có tính đến yếu tố rủi ro kinh doanh và chi phí tư vấn (trùng 2 lần lợi nhuận trong chi phí xây dựng)”.

Ngoài ra, tại Báo cáo số 08 ngày 12/1/2021 của TTCP báo cáo kết quả thực hiện ý kiến chỉ đạo của Phó Thủ tướng Thường trực Trương Hoà Bình, có nêu: “Tại Báo cáo số 438 ngày 8/12/2020 của Bộ TN&MT đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ về việc xác định tiền sử dụng đất của 38 dự án, trong đó có nội dung các dự án này khi xác định tiền sử dụng đất không gây thất thoát cho ngân sách Nhà nước, về nội dung này, TTCP đã có Văn bản số 2119 ngày 4/12/2020 đồng ý với Bộ TN&MT”.

Về khoản thu nhập chịu thuế tính trước 5,5% trong suất đầu tư, UBND TP Hà Nội đã có Văn bản số 1485 ngày 16/4/2019 và số 131 ngày 29/6/2021 gửi TTCP báo cáo giải trình. Tuy nhiên, ngày 23/7/2021, TTCP có Thông báo số 1183 về kết luận thanh tra một số dự án đầu tư xây dựng từ nguồn vốn ngân sách, nguồn vốn vay; việc chuyển đổi, chuyển nhượng nhà đất của cơ quan Nhà nước, doanh nghiệp Nhà nước, nhà đất có vị trí đắc địa sang mục đích khác tại thành phố Hà Nội (giai đoạn 2003-2016), trong đó yêu cầu UBND TP Hà Nội và các cơ quan, tổ chức thực hiện các kiến nghị của TTCP.

Về khoản lợi nhuận nhà đầu tư (14%), trong quá trình triển khai xác định giá đất cụ thể, ngày 26/1/2018, UBND TP đã có Văn bản số 386 xin ý kiến của Bộ Xây dựng về khoản lợi nhuận định mức kết cấu trong suất vốn đầu tư.

Ngày 9/2/2018, Bộ Xây dựng đã có Văn bản số 284 trả lời nêu rõ: “Theo quy định tại Nghị định số 32 năm 2015 của Chính phủ về quản lý chi phí đầu tư xây dựng, Thông tư số 06 năm 2016 của Bộ trưởng Bộ Xây dựng hướng dẫn xác định và quản lý chi phí đầu tư xây dựng, thu nhập chịu thuế tính trước là một khoản mức chi phí cấu thành nên chi phí xây dựng và khoản lợi nhuận của doanh nghiệp xây dựng được dự tính trước trong dự toán xây dựng công trình khoản thu nhập chịu thuế tính trước trong chi phí xây dựng độc lập với khoản lợi nhuận của nhà đầu tư.

Tại Báo cáo số 438 ngày 8/12/2020 của Bộ TN&MT báo cáo Thủ tướng Chính phủ về kết quả thực hiện nhiệm vụ được giao tại Thông báo số 70 ngày 25/5/2020 của Văn phòng Chính phủ nêu: “Căn cứ quy định pháp luật, khoản thu nhập chịu thuế tính trước (đối với công trình dân dụng được Bộ Xây dựng quy định là 5,5%) là một khoản chi phí nằm trong chi phí xây dựng; theo đó, thu nhập chịu thuế tính trước tính trong chi phí xây dựng và được tính vào tổng chi phí phát triển giả định của bất động sản để định giá đất theo phương pháp thặng dư là phù hợp và thống nhất với quy định tại Thông tư số 36 của Bộ Tài nguyên và Môi trường. Việc loại bỏ khoản thu nhập chịu thuế tính trước 5,5% trong tổng chi phí phát triển giả định khi định giá đất theo phương pháp thặng dư là không phù hợp với thực tế và không có cơ sở pháp luật”.

Khoản thu nhập chịu thuế tính trước (5,5%) là khoản lợi nhuận của nhà thầu thi công công trình được tính trước trong dự toán xây dựng công trình.

Khoản lợi nhuận của nhà đầu tư tính đến yếu tố rủi ro kinh doanh, chi phí vốn (được tính bằng 14% của tổng chi phí đầu tư và giá trị khu đất) là khoản mục chi phí phát triển được quy định tại Mục a, Khoản 3, Điều 6 Thông tư 36 năm 2014 của Bộ TN&MT.

“UBND TP Hà Nội xác định khoản thu nhập chịu thuế tính trước (5,5%) trong suất đầu tư và lợi nhuận nhà đầu tư có tính đến yếu tố rủi ro kinh doanh (14%) là đúng quy định pháp luật hiện hành và hướng dẫn của Bộ Xây dựng và Bộ TN&MT”, Báo cáo của UBND TP Hà Nội nêu rõ.

Do đó, UBND TP Hà Nội báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, chấp thuận thống nhất áp dụng khoản thu nhập chịu thuế tính trước (5,5%) trong suất đầu tư khi xác định chi phí phát triển làm cơ sở xác định giá đất của các dự án theo quy định tại Nghị định số 44 năm 2014 của Chính phủ quy định về giá đất; Thông tư số 36 năm 2014 của Bộ TN&MT; ý kiến của Bộ Xây dựng, Bộ TN&MT làm cơ sở để UBND TP Hà Nội tiếp tục triển khai thực hiện.