Theo đó, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Viện Hàn lâm kiểm điểm làm rõ trách nhiệm của tập thể lãnh đạo qua các thời kỳ trong giai đoạn 2015 - 2019; chỉ đạo và xây dựng chiến lược, quy hoạch phát triển của Viện Hàn lâm và các đơn vị trực thuộc báo cáo Thủ tướng Chính phủ theo quy định; ban hành Quy chế Quản lý khoa học đảm bảo toàn diện, thống nhất, hiệu quả, tiết kiệm, trên cơ sở khoa học và phù hợp với tình hình thực tế; ban hành Quy chế Tổ chức và Hoạt động của các tạp chí trong Viện Hàn lâm đầy đủ nội dung, tiết kiệm ngân sách Nhà nước (NSNN); ban hành định mức phân bổ dự toán chi ngân sách cho các đơn vị trực thuộc, bảo đảm khớp đúng về tổng mức, phù hợp với đặc điểm thực tế và nguồn thu của từng đơn vị trực thuộc, thực hiện công khai, minh bạch theo đúng quy định…

Ngoài ra, cơ quan thanh tra cũng kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo tập thể lãnh đạo Viện Hàn lâm với trách nhiệm trong việc lãnh đạo, chỉ đạo, phê duyệt về công tác quản lý tài chính, tài sản công, thực hiện các dự án đầu tư, nghiên cứu khoa học và tổ chức đào tạo thạc sĩ, tiến sĩ trong giai đoạn 2015 – 2019…

Căn cứ theo các nội dung được nêu tại kết luận thanh tra, cơ quan thanh tra cũng kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Viện Hàn lâm kiểm điểm theo từng giai đoạn, thời điểm, làm rõ trách nhiệm và có hình thức xử lý đúng quy định của pháp luật đối với cá nhân, tổ chức thuộc các đơn vị tham mưu và các đơn vị trực thuộc có hạn chế, khuyết điểm trong giai đoạn 2015 - 2019.

Cụ thể, Trưởng ban Quản lý Khoa học, Chánh Văn phòng và Thủ trưởng các đơn vị trực thuộc với trách nhiệm trong việc tham mưu và thực hiện các đề tài không đúng quy định của Luật Khoa học và Công nghệ và Quy chế Quản lý khoa học của Viện Hàn lâm; tổ chức hội đồng nghiệm thu nhiều đề tài khoa học cấp cơ sở trong cùng một ngày, có đề tài sử dụng lại một phần nội dung đã được nghiên cứu trước đó…

Trưởng ban Kế hoạch tài chính với trách nhiệm tham mưu lập, giao và phân bổ dự toán ngân sách nhà nước hàng năm còn có sai sót; giao ngân sách nhà nước có các nội dung không có trong quy định của Nhà nước; không đánh giá hiệu quả của các tạp chí theo nhiệm vụ được giao, để tồn kho nhiều tạp chí tại các đơn vị, gây lãng phí ngân sách Nhà nước.

Trưởng ban Tổ chức cán bộ trong việc tham mưu thực hiện về chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức bộ máy; chưa xây dựng Đề án tinh giản bộ máy, Đề án vị trí việc làm của Viện Hàn lâm và tham mưu lãnh đạo Viện phê duyệt Đề án tinh giản và vị trí việc làm của các đơn vị trực thuộc; không tổng kết, đánh giá hiệu quả của các tạp chí của Viện Hàn lâm theo nhiệm vụ được giao.

Giám đốc Học viện Khoa học xã hội và các đơn vị tham mưu với trách nhiệm trong việc quản lý, tổ chức đào tạo trình độ thạc sĩ, tiến sĩ; sử dụng nguồn ngân sách chi trả tiền lương, phụ cấp, trích lập các quỹ, kê khai thuế chưa đúng và đầy đủ theo quy định.

Viện trưởng Viện Khoa học xã hội vùng Trung Bộ qua các thời kỳ đã cho doanh nghiệp sử dụng 10.000 mét vuông đất trái quy định, vi phạm Luật Quản lý, sử dụng tài sản nhà nước; phát hiện vi phạm nhưng không báo cáo Viện Hàn lâm có biện pháp xử lý, để kéo dài nhiều năm, gây thiệt hại tiền của Nhà nước và trách nhiệm trong việc sử dụng sai mục đích Nhà ký túc xá.

Giám đốc Bảo tàng dân tộc học với trách nhiệm trong việc quản lý, cho thuê nhà, đất không đúng quy định của Luật Quản lý, sử dụng tài sản công; không lập đề án cho thuê, không tổ chức đấu giá, công khai giá cho thuê theo quy định. Quản lý, thực hiện các dự án tăng cường năng lực còn nhiều yếu kém. Kê khai, nộp không đầy đủ các loại thuế theo quy định số tiền là 1.119,314 triệu đồng.

Chánh Văn phòng với trách nhiệm trong việc quản lý, sử dụng các cơ sở nhà, đất được giao và cho thuê trụ sở không đúng quy định của Luật Quản lý, sử dụng tài sản công; chủ trì thực hiện các nhiệm vụ nghiên cứu còn nhiều sai sót; thu phí quản lý đề tài trước năm 2017 không đúng quy định của Luật Ngân sách Nhà nước.

Thủ trưởng các Tạp chí trong việc để tồn kho 104.811 cuốn tạp chí; đến nay không còn giá trị sử dụng, gây lãng phí ngân sách Nhà nước 7.530 triệu đồng.

Trước đó, tại kết luận thanh tra, Thanh tra Chính phủ đã chỉ ra hàng loạt sai phạm trong quản lý tài chính, tài sản công, thực hiện các dự án đầu tư; tổ chức hợp tác nghiên cứu, đào tạo, liên kết đào tạo, cấp bằng thạc sĩ, tiến sĩ của Viện Hàn lâm và các đơn vị trực thuộc, đặc biệt là Văn phòng Viện Hàn lâm, Học viện Khoa học xã hội, Viện KHXH vùng Trung bộ…

Kết luận thanh tra đã được Phó Thủ tướng Chính phủ Lê Minh Khái có ý kiến chỉ đạo tại Văn bản số 1112/VPCP-V.I ngày 15/4/2022 của Văn phòng Chính phủ.