Mục tiêu của Chương trình là nghiên cứu làm chủ công nghệ sản xuất vaccine sử dụng cho người (vaccine); nâng cao trình độ, năng lực của các tổ chức, doanh nghiệp nghiên cứu, sản xuất vaccine trong nước, sẵn sàng đối phó với dịch mới phát sinh. Chương trình phấn đấu 100% vaccine trong nước đạt tiêu chuẩn tương đương với tiêu chuẩn quốc tế, bảo đảm cho Chương trình tiêm chủng mở rộng và một số vaccine khác; từng bước đưa vaccine Việt Nam tham gia thị trường quốc tế.

Đến năm 2025, làm chủ công nghệ sản xuất 10 loại vaccine và sản xuất được tối thiểu 3 loại vaccine; đến năm 2030, làm chủ được công nghệ sản xuất 15 loại vaccine và sản xuất được tối thiểu 5 loại vaccine. Để đạt được mục tiêu, Chương trình đặt ra các nhiệm vụ trọng tâm như nghiên cứu hoàn thiện cơ chế, chính sách và rà soát, sửa đổi, bổ sung các quy định pháp luật thúc đẩy nghiên cứu, thử nghiệm, cấp phép sử dụng vaccine sản xuất trong nước. Đặc biệt, nghiên cứu xây dựng chính sách riêng đáp ứng yêu cầu linh hoạt trong ứng phó xử lý vaccine đại dịch.

Chương trình đẩy mạnh nghiên cứu, ứng dụng công nghệ mới, công nghệ tiên tiến, công nghệ truyền thống, ưu tiên công nghệ mRNA, công nghệ protein tái tổ hợp, … phục vụ sản xuất vaccine Covid-19, vaccine ung thư, vaccine phối hợp nhiều thành phần và các vaccine khác đáp ứng nhu cầu phòng, chống dịch. Trong đó, triển khai các nhiệm vụ nghiên cứu làm chủ công nghệ sản xuất vaccine, nhập khẩu công nghệ mới, công nghệ tiên tiến phục vụ nghiên cứu sản xuất vaccine và giải mã, làm chủ, cải tiến công nghệ phù hợp với điều kiện thực tế của Việt Nam.