Theo đó, Bộ VHTTDL thỏa thuận Dự án tu bổ, tôn tạo di tích chùa Cả, với nội dung tu bổ Tiền đường, Thượng điện, cổng phụ phía Đông, cổng phụ phía Nam; tôn tạo Tam quan và hạ tầng kỹ thuật, phòng cháy, chữa cháy di tích.

Tuy nhiên, Bộ VHTTDL lưu ý, đối với hạng mục Tiền đường, không đắp trang trí hoa lá trên bờ nóc; tái sử dụng tối đa đá làm bậc tam cấp. Đối với hạng mục Thượng điện, giữ nguyên các cấu kiện còn tốt, chỉ thay thế khi các cấu kiện đã bị hư hỏng hoàn toàn; sử dụng giải pháp thay cốt, ốp mang để tái sử dụng tối đa các mảng chạm.

Đồng thời, thiết kế lại mặt bằng và kiến trúc tam quan theo hướng mặt bằng chữ nhất, kiến trúc hai tầng mái. Bổ sung phương án nối, vá, thay cốt, ốp mang… để bảo tồn các cấu kiện gỗ cổ, gỗ cũ.